Die Gründung des Winterthurer Instituts (WIG) für Gesundheitsökonomie geht auf eine Initiative der Ärztegesellschaft der Bezirke Winterthur und Andelfingen AWA, der Stadt Winterthur und des Kantonsspitals Winterthur zurück. 1995 fanden unter dem Motto "Gesundheitsökonomie im Dialog" verschiedene Diskussionsforen statt. Eine weitere Triebkraft war zudem das Bestreben, den Wirtschaftsstandort Winterthur zu fördern und Winterthur als nationales Gesundheitszentrum zu entwickeln.

Am 21. August 1998 wurde der Verein zur Förderung des Bereichs Gesundheitsökonomie an der Zürcher Hochschule Winterthur (ZHW) gegründet. Per 1. Mai 1999 nahm das Winterthurer Institut für Gesundheitsökonomie seinen Betrieb auf. Seit 2002 ist das Institut vollständig in den Bereich Public Sector der ZHAW School of Management and Law integriert.

Seit 2003 ist das Winterthurer Institut für Gesundheitsökonomie verstärkt im Bereich angewandte Forschung & Entwicklung aktiv. Im gleichen Jahr wurde das Weiterbildungsangebot MAS Managed Health Care wurde aufgebaut. Seit 2003 befasst sich das WIG mit dem Thema Health Technology Assessment (HTA).

Im Jahr 2004 wurde das Winterthurer Institut für Gesundheitsökonomie mit dem Aufbau des Departments Gesundheit der ZHAW beauftragt, das heute erfolgreich tätig ist.

Zwischen 2005 und 2018 führte das WIG die Geschäftsstelle der Swiss Insurance Medicine (SIM).

Im Jahre 2006 wurde die gegenwärtige Struktur des Instituts mit den Teams "Gesundheitsökonomische Forschung", "Management in Gesundheitswesen", "Versorgungsforschung" und "Bildung und Gesundheitspolitik" geschaffen. 2018 entstand zusätzlich das Team "HTA und gesundheitsökonomische Evaluationen".

Das Winterthurer Institut für Gesundheitsökonomie ist in allen Bereichen weitergewachsen und verfügt gegenwärtig über mehr als 30 Mitarbeitende.